Air Malta ha operato i primi voli con due Boeing 720Bs, affittati dalla Pakistan International Airlines (PIA) l'1 aprile 1974 con voli di linea per Londra, Birmingham, Manchester, Roma, Francoforte, Parigi e Tripoli. Ora raggiunge circa 50 destinazioni in Europa, Nord Africa, e Mediterraneo orientale.

Attualmente la flotta di Air Malta è composta da 14 aeromobili, di cui 5 Airbus A320, 5 AirBus A319, 5 Boeing 737-300.
Recentemente Air Malta ha stipulato un accordo per molti milioni di dollari con l’International Lease Finance Corporation, Airbus Industrie e CFM International per il rinnovo della sua flotta in un periodo di quattro anni e mezzo. Tra gli importanti elementi di questo accordo sono trattati la vendita e il contratto di leasing dei due A320-200 e dei tre B737-300 di Air Malta con ILFC, una societ