Air Malta begann den Flugverkehr am 1. April 1974 mit zwei von Pakistan International Airlines (PIA) geliehenen Boeing 720B, um einen Flugservice nach London, Birmingham, Manchester, Rom, Frankfurt, Paris und Tripoli anzubieten. Der Flugplan ist inzwischen auf etwa 50 Reiseziele in Europa, Nord Afrika und den östlichen Mittelmeerraum ausgeweitet

Zur Zeit verfügt Air Malta über 14 Flugzeuge. Diese umfassen 5 Airbus A320, 5 Airbus A319, 5 Boeing 737-300.
Vor nicht langer Zeit hat Air Malta ein Multi-Millionen Dollar Abkommen über die Erneuerung der gesamten Flotte innerhalb der nächsten viereinhalb Jahre abgeschlossen, welches die International Lease Finance Corporation, die Airbus Industrie und CFM International einbezieht. Die zwei Hauptelemente des Vertrags sind die Leihgabe von Air Maltas eigenen zwei A320-200 und drei B737-300 an ILFC, einem maßgeblichen amerikanischen Flugzeugverleiher, und die Pachtung von zwölf neuen Flugzeugen der A320 Familie, jedes für einen Zeitraum von zwölf Jahren. Diese werden von CFM Motoren angetrieben.